ไมโครไบโอมในลำไส้เป็นระบบนิเวศที่สร้างขึ้นจากแบคทีเรีย 100 ล้านล้านตัวที่วิวัฒนาการจนอยู่ในสภาพพิเศษของลำไส้ Vaishnava กล่าว แบคทีเรียเหล่านี้ส่วนใหญ่ไม่เป็นอันตรายต่อโฮสต์ของพวกมัน แต่มีประโยชน์แทน ไมโครไบโอมที่ดีต่อสุขภาพ มีหลายสายพันธุ์ที่อยู่ร่วมกันเช่นเดียวกับป่าที่สมบูรณ์ และสามารถป้องกันผู้บุกรุกที่เป็นศัตรูได้ เช่น แบคทีเรียที่ก่อให้เกิดโรคหรือสายพันธุ์ที่รุกราน ทั้งในมนุษย์และหนู phyla Firmicutes และ Bacteroidetes ประกอบด้วยชุมชนจุลินทรีย์ในลำไส้ส่วนใหญ่ เพื่อมีส่วนร่วมในการควบคุมระบบภูมิคุ้มกันของโฮสต์ แบคทีเรียในไมโครไบโอมจะปรับระดับโปรตีนที่รับผิดชอบในการเปลี่ยน วิตามินบำรุง เอให้อยู่ในรูปแบบที่ออกฤทธิ์ในระบบทางเดินอาหารของโฮสต์